L'informatico di Schrödinger

cat
12Dec/10Off

Cytoscape: uno strumento per l’analisi visuale di grafi

Da qualche giorno mi ritrovo a lavorare con Cytoscape a causa della (o meglio "grazie alla") Tesi.
Dopo aver raccolto dati, costruito varie reti*, programmato una libreria per multigrafi, relativi predittori e strumenti di analisi dei risultati è giunto il momento di ottenere anche alcune metriche dei grafi studiati: ed è qui che entra in gioco Cytoscape!

Questo programma, rilasciato sotto licenza GPL, nasce originariamente per visualizzare le reti di interazione molecolare. Si tratta quindi di un software nato nell'ambito della Bioinformatica che, grazie a numerosi plugin, può estendere le sue funzionalità anche all'analisi di qualsiasi tipo di rete (comprese le reti sociali ovviamente).

La versione corrente è la 2.8: il progetto, inizialmente realizzato dall'Institute for System Biology di Seattle, è attualmente sviluppato da un consorzio di sviluppatori opensource e numerosi plugin sono rilasciati sia dagli sviluppatori che dalla comunità degli utenti.

Ovviamente anche io negli ultimi 2 giorni mi sono cimentato nel produrre un mio primo plugin (un implementazione grafica dei predittori prodotti per il mio lavoro di Tesi) che in futuro verrà rilasciato: molto probabilmente, se troverò il tempo, nei prossimi giorni pubblicherò anche qualche piccolo howto per chi fosse interessato ad iniziare a familiarizzare con le API offerte agli sviluppatori..

Il linguaggio in cui è sviluppato? Java ovviamente.. ^_^

* Delle reti che ho costruito vi farò una panoramica un altra volta.. :P

Enhanced by Zemanta
Comments (0) Trackbacks (0)

Sorry, the comment form is closed at this time.

Trackbacks are disabled.